Afi, Davey Havok, Mark Stopholese ve Vic Chalker tarafından 1991 yılında California'da kuruldu. Grubu kurduklarında enstrüman çalmayı dahi bilmeyen Afi üyeleri, hali hazırda davul seti olan arkadaşları Adam Carson'dan gruba dahil olmasını istediler. Vic'in davul, Stopholese'in gitar, Chalker'ın da bas gitar çalmayı öğrenmesiyle birlikte müzik yapmaya başlayan genç müzisyenler, davula Carson'un yerine Geoff Kresge'in geçmesiyle birlikte ilk ep'leri "Dork"u yayımladılar. Ep'ye daha sonra grubun daimi gitaristi olacak Jade Puget'i de dahil eden Afi üyelerinin her biri o sırada üniversite eğitimlerine devam ediyorlardı. Kısa bir süre sonra, Kresge New York'a taşınma kararı alırken, grubun diğer üyeleri Afi uğruna okulu bırakıp sırasıyla "Behind the Times", "Eddie Picnic's All Wet", "This Is Berkeley, Not West Bay", "AFI/Heckle", "Bombing the Bay", "Fly in the Ointment" ep'lerini yayımladılar.
İlk albümleri "Answer That and Stay Fashionable"ı 1995 senesinde piyasaya süren grup, daha sonra 1996'da "Very Proud of Ya" albümünü yayımladı. Albümün tanıtım turnesi sırasında gruptan ayrılma kararı alan Kresge'in yerine Hunter Burgan'ı kadroya dahil ederek turneyi tamamlayan Afi, 1999'da yayımlanan “Black Sails in the Sunset” albümü ile uluslarası üne kavuştu.
Grubun 2000 yılında yayımlanan “The Art of Drowning” albümü Billboard listesinde 174'üncü sıraya çıktı. Albümden “The Days of Phoenix” için video klip çeken grup, ardından 2003 yılında Dreamworks Records ile "Sing the Sorrow" albümünü yayımladı. 2003 MTV Video Müzik Ödülleri'ne aday oldu ve "Girl's Not Grey" single'ıyla ödül aldı.
Sonraki albümler “Decemberunderground” Interscope Records’dan yayımlanır yayımlanmaz eleştirmenlerin ilgisini çekti. Bu albüm, grubun duruşunun ve sound’unun olgunlaştığını gösterirken, new wave ve coldpop elementlerinin bolca harmanlandığı bu yeni yaklaşıma müzik dünyası olumlu bir yanıt verdi. Albümden çıkan ilk single, "Miss Murder", Billboard Modern Rock Listesi’nde 1 numara oldu. "Love Like Winter” ise MTV Total Request Live’da 40 gün boyunca kalmayı başardı.
2006’nın Aralık ayında “I Heard a Voice” dvd’sini yayımlayan grup, bu dvd’de California’da kameraya alınmış canlı performanslara yer verdi.
Ocak 2007 AFI, ünlü televizyon programı Saturday Night Live’ın konuğu oldu. Programda "Miss Murder" and "Love Like Winter" parçalarını seslendirdiler. Afi aynı sene Temmuz ayında Live Earth konser dizisinin Amerika ayağında yer aldı.
Gruptan gelen son haberlere göre, Puget yeni albüm için şarkı yazmaya devam ediyor.